Hay básicamente tres fases que comprenden el programa Narconon. El programa completo toma alrededor de entre 5 a 7 meses para completarse. La primera fase se dirige al aspecto bioquímico de la adicción y retira completamente a la persona de las drogas o el alcohol. Básicamente se compone de dos sub-fases:

Retirada sin drogas: En este paso del programa se pone al individuo sobre un  programa de retirada cuidadosamente diseñado, que hace que el estudiante salga de las drogas sin experimentar la agonía usual de las retiradas de drogas y alcohol.  El programa  utiliza vitaminas específicas y minerales para compensar al cuerpo y empezar a reconstruirlo físicamente.

Programa de Desintoxicación:  Los residuos de las drogas que se acumulan en los tejidos grasos del cuerpo, pueden ocasionar que se reactiven sensaciones pasadas de los efectos de las drogas años después que la persona deja de consumir estas sustancias.  Un paso de vital importancia para una rehabilitación exitosa es sacar todos los residuos tóxicos acumulados en el cuerpo, para que así la persona no experimente sensaciones desagradables no deseadas ocasionadas por la droga/alcohol que haya consumido.  En resumen es un régimen  exacto de ejercicios, tiempo de sudado en sauna, y suplementos nutrición,  todo diseñado por estudios en combinaciones adecuadas para  eliminar las toxinas acumuladas en el cuerpo.  Este procedimiento es único en Narconon.

Esta fase está dirigida a las mecánicas biofísicas de la adicción; el aspecto de la rehabilitación que tiene que ver con la habilidad para manejar el cuerpo y para guiar a la persona a un ordenado y disciplinado acercamiento a sí mismo de forma que confronte y se entienda a sí mismo, siendo estos aspectos de la terapia claves para sus relaciones en la vida.

Esta fase se compone de varios cursos los cuales entre otros aspectos enseñan al practicante como establecer por sí mismo lo que está bien de lo que está mal, cómo  formular una guía de comportamiento personal, y cómo sobrevivir de una forma constructiva.  Todos estos son aspectos de una conducta ética son vitales para una recuperación exitosa.  El estudiante encara acciones incorrectas y fallas en actuar cuando debiera haberlo hecho, dandole la oportunidad de aliviar el sentimiento de culpa creada por estas acciones no correctas durante su vida y en relación a la adicción a las drogas o alcohol. 

Un programa de seguimiento comprensible, es diseñado e implementado para ayudar al estudiante en su primer año de recuperación.  A través de contactos regulares con el estudiante y sus familiares, los consejeros de Narconon se aseguran de la estabilidad y el progreso del estudiante después de su programa.  El estudiante puede ser requerido para que regrese a Narconon a manejar situaciones que estén poniendo en peligro su sobriedad.  El estudiante  recibirá una ayuda especial dirigida a esa situación en su vida de manera que pueda mantener una vida libre de drogas y/o alcohol.